Fragaria chiloensis (L) Duch., conocida como frutilla chilena, es una especie nativa de Chile, y su distribución abarca las costas occidentales del Sur de América. Esta especie es considerada uno de los progenitores de la fresa comercial (F. x ananassa). El amplio rango de distribución de la especie hace suponer una gran diversidad genética, que podría ser una valiosa fuente de genes para los programas de mejoramiento de la especie o del híbrido cultivado y de gran potencial comercial en comunidades rurales. El presente estudio tuvo por objetivo detectar la variación somaclonal inducida durante la micropropagación de F. chiloensis en tres sistemas de cultivo in vitro mediante el uso de marcadores moleculares ISSR. Dos de los sistemas in vitro correspondieron a Sistemas de Inmersión Temporal RITA® y BIT® y el tercero a micropropagación en medio sólido. Se analizaron en total 45 muestras correspondientes a un mismo genotipo. El uso de 12 marcadores ISSR generó 138 loci, 38 polimórficos, resultando un nivel de polimorfismo promedio de 15,22%. El índice de identidad genética de Nei varió entre 0,997 y 0,998, mientras que Fst arrojó un valor de 0,021. La similitud entre las muestras fue estimada por el coeficiente de Jaccard mediante un dendrograma UPGMA que arrojó valores entre 0,90 y 1,0. Los resultados del estudio concluyen que el goenotipo evaluado de F. chiloensis se comporta estable al ser micropropagado in vitro, que el uso de esta técnica es factible para la propagación de individuos seleccionados y que partidores ISSR resultan adecuados al discriminar entre genotipos estrechamente relacionados genéticamente, para un análisis de variación somaclonal que pudiera ser provocado por el cultivo in vitro.