Introducción: La inactividad física es un factor que contribuye al aumento del riesgo cardiometabólico, como el sobrepeso y la obesidad en escolares. Objetivo: Asociar los hábitos de actividad física con variables morfológicas (índice de masa corporal [IMC], circunferencia de cintura [CC], grasa corporal y masa libre de grasa), presión arterial, glucemia, fuerza de prensión manual (FPM) y salto con contramovimiento (CMJ) en escolares hombres chilenos. Además, comparar escolares físicamente activos (FA) con escolares físicamente inactivos (FI) en variables morfológicas, presión arterial, glucemia, FPM y CMJ. Material y métodos: Estudio transversal que analizó 160 escolares con una edad media de 7,12 ± 4,5 años distribuidos en escolares FA (n= 75) y escolares FI (n= 85). Se realizó una regresión logística para identificar la asociación entre los hábitos de actividad física con factores de las variables morfológicas (IMC, CC, grasa corporal y masa libre de grasa), presión arterial, glucemia, FPM y CMJ. Además, para comparar las diferencias en los hábitos de actividad física (físicamente activos vs. físicamente inactivos), se realizó la prueba t de Student para muestras independientes. Resultados: La regresión logística mostró que la actividad física es un factor protector contra el exceso de grasa corporal en un 46% (OR= 0,46; IC95%= 0,22 a 0,95; p= 0,03), hiperglucemia en un 25% (OR= 0,25; IC95%= 0,12 a 0,51; p< 0,0001), hipertensión arterial del 31% (OR= 0,31; IC95%= 0,15 a 0,67; p= 0,002), y FPM en mano dominante del 40% (OR= 0,40; IC95%= 0,19 a 0,83; p= 0,014). Conclusión: La actividad física protegió contra el exceso de grasa corporal, la hiperglucemia, la hipertensión arterial y la disminución de FPM en escolares hombres chilenos. Los escolares FA exhibieron menos grasa corporal, menor riesgo de hiperglucemia e hipertensión, y FPM, además de CMJ mejorados en comparación con los escolares FI.