Antecedentes: Tanto el gen FTO (Fat-mass and obesity-associated-gene) y el tiempo sedente se asocian a obesidad, sin embargo, se desconoce si el tiempo sedente puede modificar la predisposición genética a la obesidad. Por ende, el objetivo de este estudio fue investigar si la asociación entre el polimorfismo rs9939609 del gen FTO y marcadores de adiposidad podrían ser modificados por el tiempo sedente. Métodos: Este estudio de corte transversal incluye a 409 participantes del estudio GENADIO. Los marcadores de adiposidad estudiados fueron peso corporal, índice de masa corporal (IMC), perímetro de cintura (PC) y porcentaje masa grasa. El tiempo sedente se determinó mediante acelerometría de movimiento. La interacción entre el gen FTO (rs9939609) y el tiempo sedente sobre los marcadores de adiposidad se determinó mediante análisis de regresión múltiple. Resultados: Tanto la variante de riesgo del gen FTO como el tiempo sedente se asociaron a mayor peso corporal, IMC, PC y masa grasa. Sin embargo, la asociación entre tiempo sedente y marcadores de adiposidad fue mayor en personas portadoras del alelo de riesgo del gen FTO. Por cada 1 hora de incremento en tiempo sedente, el peso corporal incrementa en 1,36 kg ([95% IC: 0,27; 2,46], p = 0,015) y 2,95 kg ([95% IC: 1,24; 4,65], p = 0,001) en personas con la variante protectora (TT) versus aquellos con la variante de riesgo (AA), respectivamente. Resultados similares se encontraron para (PC). Conclusión: La asociación entre la variante de riesgo de FTO y mayor nivel de adiposidad es más acentuada en individuos que presentan mayores niveles de sedentarismo.