Introducción. La reflexión ética es parte fundamental del quehacer investigativo. Esta reflexión cobra particular importancia cuando se sitúa en un proceso de cuestionamiento continuo y permanente en el transcurso de investigación educativa que aborde la enseñanza de temas controversiales de la historia de un país. Objetivo. El presente estudio analiza aspectos éticos en el desarrollo de una investigación doctoral sobre las percepciones de profesorado de historia con respecto al abordaje de temas controversiales de la historia reciente de Chile que involucren hechos de violación de derechos humanos. Métodos. Se analizan las reflexiones éticas de las investigadoras desde el propio ejercicio de autoconciencia metodológica, así como también se analizan las percepciones de las personas participantes sobre el desarrollo de la investigación, siguiendo los pasos para el análisis de contenidos propuestos por la teoría fundamentada constructivista. Resultados. Se identifican los aspectos éticos más relevantes para cada una de las tres fases de investigación (diseño, ejecución y proyección), entre los cuales se discuten las acciones realizadas para promover la libertad de diálogo, evitar la revictimización, la compensación por potenciales molestias asociadas al debate de memorias negativas, y la reciprocidad y beneficencia para la transformación social, entre otros aspectos. Conclusiones. El estudio destaca la necesidad de establecer un diálogo de reflexión ética continuo en investigación educativa que apunte a velar por el cumplimiento de los derechos humanos y la protección de la dignidad de la persona.